Министерството за европски прашања ги врши работите што се однесуваат на:
- обезбедување на координација и усогласување на работата на органите на државната управа и другите органи и институции за подготвување на Републиката за членство во Европската Унија, вклучително и за преговори за членство во Европската Унија;
- обезбедување на координација на активностите за спроведување на Спогодбата за стабилизација и асоцијација склучена меѓу Републиката и Европските заедници и нивните земји членки и другите договори склучени меѓу Републиката и Европската Унија, како и на работните тела формирани во рамките на склучената спогодба и другите договори со Европската Унија;
- обезбедување на координација на процесот на подготвување на македонската верзија на правото на Европската Унија (acquis communautaire);
- обезбедување на координација заради усогласување на работата на претставниците на Републиката во институциите и телата на Европската Унија;
- обезбедување на координација заради усогласување на работата на Републиката како држава членка на Европската Унија;
- обезбедување на координација на странската помош од Европската Унија и нејзините земји членки и другата странска помош поврзана за реформите комплементарни на процесот на интегрирање на Републиката во Европската Унија;
- информирање на јавноста за активностите поврзани со процесот на европска интеграција и европските прашања;
- како и други работи поврзани со Европската Унија кои ќе ги определи Владата
- врши други работи утврдени со закон.