Главна цел на програмата Фискалис 2013 е да го подобри функционирањето на даночните системи во внатрешниот пазар преку зголемување на соработката помеѓу земјите учеснички, нивните администрации и службени лица.
Специфична цел на Програмата којашто се однесува на земјите кандидатки е да се земат предвид специфичните потреби на овие земји со цел навремено преземање на сите неопходни мерки за влез во областа на даночното законодавство и зајакнување на административниот капацитет.
Национална партнерска институција одговорна за спроведување и координирање на активностите поврзани со Програмата е Управата за јавни приходи, орган во состав на Министерството за финансии.