Pas hyrjes në fuqi të Marrëveshjes së Stabilizim-Asociimit (MSA), janë krijuar organet e mëposhtme:
Këshilli i MSA-së – Ky organ i nivelit më të lartë politik i krijuar nga Marrëveshja e Stabilizim-Asociimit takohet një herë në vit. Këshilli nga ana maqedonase drejtohet nga Ministri i Punëve të Jashtme. Nga ana e Bashkimit Evropian, Ministri i Punëve të Jashtme i vendit që mban presidencën është kryesuesi. Komisioni përfaqësohet nga Përfaqësuesi i Lartë për Politikën e Përbashkët të Jashtme dhe të Sigurisë, Komisioneri për Zgjerimin ose zëvendësi i tij/saj, dhe një përfaqësues i presidencës së ardhshme. Përmes dialogut politik, Këshilli diskuton çështjet më të rëndësishme politike në marrëdhëniet midis Republikës së Maqedonisë dhe Bashkimit Evropian, çështje të rëndësishme rajonale dhe informohet për situatën dhe planet e Unionit.
Komiteti i Stabilizim-Asociimit (KSA) – Mbahet një herë në vit, me radhë në Shkup dhe Bruksel. Kryesohet nga dy bashkëkryetarë nga Republika e Maqedonisë dhe Komisioni Evropian. Është një forum operativ ku shqyrtohen arritjet në të gjitha fushat dhe ofrohen udhëzime të mëtejshme për reformat e nevojshme.
Nënkomitetet e MSA-së – Ekzistojnë 7 nënkomitete që mbulojnë fushat e MSA-së dhe përfaqësojnë organe ose forume operative në nivel ekspertësh ku diskutohen rezultatet e arritura gjatë vitit të kaluar dhe planet për vitin e ardhshëm. Roli i nënkomiteteve është të paraqesin arritjet e Republikës së Maqedonisë në përmbushjen e detyrimeve sipas Marrëveshjes së Stabilizim-Asociimit. Ato janë një korrigjim themelor dhe një mënyrë për të monitoruar procesin e anëtarësimit.
Në takimin e shtatë të Komitetit të Stabilizim-Asociimit, u krijua një Grup i Posaçëm për Reformën e Administratës Publike për të monitoruar progresin e bërë nga Republika e Maqedonisë në procesin e reformës së administratës publike, i cili mbajti takimin e tij të parë në tetor 2010 në Shkup.