Të gjitha vendet anëtare janë pjesë e Unionit Doganor të BE-së dhe zbatojnë të njëjtat rregulla dhe procedura doganore. Kjo përfshin pajtueshmëri të plotë ligjore, kapacitet të mjaftueshëm zbatimi dhe zbatimi, si dhe qasje në sistemet e përbashkëta të kompjuterizuara doganore.
Politikat në Kapitullin 3.29 Bashkimi Doganor është baza e Bashkimit Evropian dhe një element themelor në funksionimin e tregut të vetëm. Tregu i vetëm mund të funksionojë siç duhet vetëm nëse ka një zbatim të përbashkët/identik të rregullave të përbashkëta në kufirin e jashtëm. Kjo do të thotë që të gjitha administratat doganore në BE duhet të veprojnë/funksionojnë si një e tërë. Këto rregulla të përbashkëta shkojnë përtej konceptit të një bashkimi doganor (me tarifën e tij të përbashkët) dhe shtrihen në të gjitha aspektet e politikës tregtare, kontrollet që lidhen me shëndetin dhe mjedisin, politikën e përbashkët bujqësore, si dhe mbrojtjen e interesit ekonomik të BE-së përmes instrumenteve jo-tarifore, masave që lidhen me politikën e jashtme, etj. Sot, doganat përballen me sfida të reja: të sigurojnë rrjedhën e pandërprerë tregtare duke zbatuar kontrollet e nevojshme nga njëra anë, por edhe të garantojnë mbrojtjen e shëndetit dhe sigurisë së qytetarëve të Unionit. Për të siguruar një ekuilibër midis këtyre kërkesave, procedurat doganore dhe metodat e kontrollit duhet të modernizohen dhe bashkëpunimi midis shërbimeve të ndryshme doganore duhet të forcohet. Sistemet e IT-së doganore janë gjithashtu një segment shumë i rëndësishëm, prandaj në drejtim të përmirësimit të ndërveprimit midis sistemeve doganore të vendeve anëtare, Këshilli dhe Parlamenti Evropian vendosën për një "mjedis pa letër për doganat dhe tregtinë".