Qeveria e Republikës së Maqedonisë me “Bazat e strategjisë së Republikës së Maqedonisë për arritjen e statusit të anëtares së Bashkimit Evropian”, nga viti 1997, vendosi themelet për krijimin e sistemit për udhëheqje me procesin e integrimit evropian. Ky sistem zhvillohej dhe përmirësohej në vazhdimësi me qëllim të funksionimit më të mirë dhe më efikas, si dhe për shkak të obligimeve të shumta ndaj Bashkimit Evropian. Struktura e tanishme është si vijon:

• Komiteti për integrime euroatlantike – vendos për politikën e vendit për procesin e integrimit evropian. Me Komitetin udhëheq kryeministri i Qeverisë, ndërsa pjesëmarrës janë zëvendëskryeministri dhe të gjithë ministrat e Qeverisë, guvernatori i Bankës Popullore të Republikës së Maqedonisë si dhe kryetari i Akademisë së shkencave dhe arteve të Maqedonisë (ASHAM).
• Komiteti punues për integrimet evropiane në Qeverinë e Republikës së Maqedonisë – udhëheqës është zëvendëskryeministri i Qeverisë për çështje evropiane, ndërsa anëtarë të tij janë të gjithë sekretarët shtetëror të ministrive. Ky organ operativ ndërministror i përcakton metodat dhe dinamikën e realizimit të vendimeve strategjike, rekomandimet politike dhe prioritetet e Qeverisë, ndërsa kryen dhe vëzhgon realizimin e detyrave konkrete.
• Zëvendëskryeministri i Qeverisë për çështje evropiane – udhëheq dhe koordinon pjesën operative të procesit integrues, gjatë së cilës Sekretariati për Çështje Evropiane siguron koordinim dhe përputhshmëri të punës së organeve të administratës shtetërore si dhe organeve dhe institucioneve tjera, për përgatitjen e Republikës së Maqedonisë për negociata dhe anëtarësim në Bashkimin Evropian.
• Ministria e punëve të jashtme – Sektori për BE-në – është përgjegjës për komunikimin me strukturat evropiane nëpërmjet Misionit të Republikës së Maqedonisë në Bruksel, për mbledhjen e informatave të vlefshme dhe të dhëna në kohë të cilat ndikojnë në procesin integrues, si dhe për prezentimin e qëndrimeve të unifikuara dhe pozicioneve në strukturat evropiane.

Në procesin e përshtatshmërisë së legjislacionit nacional me të drejtën e Bashkimit Evropian, pjesë aktive marrin edhe: Komiteti i grupeve të punës për përputhshmërinë e legjislacionit, Sekretariati për ligjvënie i cili verëson përputhshmërinë e ligjislativës, Sekretariati gjeneral i Qeverisë (bazar në nenin 66 të Rregullores së Qeverisë për përputhshmërinë me të drejtën e BE-së), Kuvendi i Republikës së Maqedonisë (miraton ligjet nga lëmit e integrimeve evropiane), Komisioni për çështje evropiane i Kuvendit të Republikës së Maqedonisë dhe Këshilli nacional për eurointegrime.