Со „Основите на стратегијата на Република Македонија за стекнување на статусот придружна членка на Европската унија" од септември 1997 година, Владата постави основи за воспоставување на систем за управување со процесот на европска интеграција. Во функција на поголема оперативност и ефикасност, како и на сè поголемите обврски кон Европската унија, овој систем континуирано се надградуваше. Денес ја има следната структура:

• Комитет за евроатлантски интеграции - одлучува за политиката на земјата во процесот на европска интеграција. Со Комитетот претседава претседателот на Владата, а во него членуваат замениците на претседателот на Владата и сите министри во Владата, како и гувернерот на Народната банка на Република Македонија и претседателот на МАНУ.
• Работен комитет за европска интеграција при Владата на Република Македонија - претседаван од заменикот на претседателот на Владата задолжен за европски прашања, а негови членови се сите државни секретари од министерствата. Ова оперативно меѓуминистерско тело ги утврдува методите и динамиката за реализирање на стратегиските одлуки, политичките насоки и приоритети на Владата, а врши и следење на реализацијата на конкретни задачи.
• Заменик на претседателот на Владата задолжен за европски прашања - управува и го координира оперативниот дел од интеграцискиот процес, при што Секретаријатот за европски прашања обезбедува координација и усогласување на работата на органите на државната управа и другите органи и институции во подготвката на Република Македонија за преговори и членство во Европската унија.
• Министерство за надворешни работи - Сектор за ЕУ - одговорно за комуникацијата со европските структури преку Мисијата на Република Македонија во Брисел, за прибирање валидни и навремени информации кои влијаат на интегративниот процес, како и за пласирање на единствени ставови и позиции во европските структури.

Во процесот на усогласување на националното законодавството со правото на ЕУ, активно учествуваат и: Комитетот на работни групи за усогласување на законодавството, Секретаријатот за законодавство (кој дава оценка за усогласеноста на законодавството), Генералниот секретаријат при Владата (заради почитување на членот 66 од Деловникот на Владата за усогласеност со правото на ЕУ), Собранието на Република Македонија (ги усвојува законите од областа на европската интеграција, Комисијата за европски прашања во Собранието на Република Македонија и Националниот совет за евроинтеграции.