.
Организација
Работата на Секретаријатот за европски прашања е уредена со Законот за Владата на Република Северна Македонија („Службен весник“ бр.55/2005), со трансформација на претходниот Сектор за европска интеграција во рамките на Генералниот секретаријат на Владата. Секретаријатот за европски прашања има хоризонтална координативна функција за прашањата и активностите поврзани со процесот на евроинтеграција и подготовка за членство на Северна Македонија во Европската Унија. Секретаријатот за европски прашања ја остварува основната функција, секретаријат за преговори со ЕУ и координатор на активностите и работата на преговарачката структура. СЕП остварува интензивна соработка со органите на државната управа и други органи и институции на секојдневна основа. Секретаријатот остварува функција на мониторинг на обврските преземени во процесот на интеграција. Нема управна функција. Заменик претседателот на Владата задолжен за европски прашања е Национален ИПА Координатор и согласно Регулативите за ИПА I и ИПА II е должен да управува со фондовите кои ЕУ ги доделува на Северна Македонија за спроведување на реформите. Воедно, ја врши и функцијата Национален координатор за странска помош. Преку електронскиот систем за работа на Владата (за процесот на стратешко планирање и подготовка и следење на реализацијата на проекти, програми и исполнување на заклучоци од Владата и нивна поврзаност со новите функционалности на мултиплатформскиот систем за е-влада), СЕП директно учествува во градењето и спроведувањето на владините политики согласно Методологијата за стратешко планирање и подготвување на Годишната програма за работа на Владата, Упатството за начинот на постапување на министерствата и другите органи на државна управа во процесот на подготвување на стратешкиот план и Годишниот план за работа, како и Упатството за начинот на постапување на министерствата и органите во процесот на следење, оценување и известување за спроведување на стратешки план и годишен план за работа.
Мисијата на Секретаријатот за европски прашања е да се обезбеди стручна поддршка и координација на работата, како и посветеност на органите на државната управа и на другите органи и институции за подготовка на Република Северна Македонија за членство во Европската Унија. Мисијата се обезбедува преку:
Член 40-б Секретаријатот за европски прашања ги врши работите што се однесуваат на: обезбедување на координација и усогласување на работата на органите на државната управа и другите органи и институции, за подготвување на МКД за членство во ЕУ,вклучително и за преговори за членство во Европската Унија; обезбедување на координација на активностите за спроведување на Спогодбата за стабилизација и асоцијација склучена меѓу македонската држава и Европските заедници и нивните земји членки и другите договори склучени меѓу македонската држава и Европската Унија, како и на работните тела формирани во рамките на склучената спогодба и другите договори со Европската Унија; обезбедување на координација на процесот на подготвување на македонската верзија на aquis communitaire (правото на Европската Унија); обезбедување на координација заради усогласување на работата на државните претставници во институциите и телата на Европската Унија; обезбедување на координација заради усогласување на работата на органите на државна управа како држава членка на Европската Унија; обезбедување на координација на странската помош од Европската Унија и нејзините земји членки и другата странска помош поврзана за реформите комплементарни на процесот на интегрирање во Европската Унија; информирање на јавноста за активностите поврзани со процесот на европска интеграција и европските прашања; како и други работи поврзани со Европската Унија кои ќе ги определи Владата.
Целосна интеграција на Северна Македонија во Европската Унија. Општество интегрирано во ЕУ со прифатени заеднички вредности и принципи на демократија и владеење на правото, со европски демократски вредности на почитување на човековите права и слобода на изразување, со политика на дијалог и регионална соработка, како и со изградена одговорност кон користење на севкупните ресурси, заштита на животната средина и културното наследство, едно општество за сите врз основа на универзалните декларации за човекови права како и поединечните специфики на македонското општество. Создавање на професионална и добро обучена мрежа на административни службеници со искуство во работата со европските институции, согласно воспоставените ЕУ стандарди и политики. Добра регионална поврзаност и солиден капацитет за апсорпција на ЕУ фондовите.
Главните стратешки насоки на Секретаријатот за европски прашања се поставени врз основа на стратешката определба на Владата за целосно членство во ЕУ, како и клучните документи и стратегии: Спогодбата за стабилизација и асоцијација (ССА); Процесот за стабилизација и асоцијација; Стратегијата за проширување, со јасни насоки и препораки за процесот на проширување во наредниот период преку Методологијата за проширување на ЕУ; инцијативите и стратегиите на ЕУ; Повеќегодишната финансиска рамка (МФФ 2021-2027); Годишните извештаи на ЕК за МКД; секторските стратегии; Програмата за работа на Владата 2020-2024 г. и реформите во низа области; Програмата за економски реформи (ЕРП).
Секретаријатот за европски прашања направи темелна анализа на овие стратешки документи, ги идентификува клучните предизвици на Европската Унија и Северна Македонија за следниот период и врз основа на својата позиција и капацитети ги утврди следните стратешки насоки: континуитет и подобрување на квалитетот на процесот на пристапување, успешно водење на пристапните преговори, европски демократски вредности во процесот на преговори. Врз основа на стратешките насоки и идентификуваните предизвици, го подготвивме Стратешкиот план на СЕП за 2021- 2023г., како целосно интегриран среднорочен развоен документ. Планот обезбедува континуитет на досегашните активности, ги препознава идните предизвици и ги инкорпорира извлечените поуки, реалната рамка на планирање, и чекор по чекор, систематско јакнење на структурите и капацитетите, соработка и вклучување, еднакво разбирање и заедничка сопственост на процесот.
Секретаријатот за европски прашања е стручна служба на Владата раководен од заменик претседателот на Владата (ЗПВ) кој ги има правата и должностите на функционер кој раководи со орган на државна управа. Согласно законските прописи и актите за систематизација на работните места во СЕП, Секретаријатот за европски прашања има државна секретарка, 5 државни советници, 8 сектори во чии рамки функционираат 25 одделенија и две независни одделенија.