По влегување во сила на Спогодбата за стабилизација и асоцијација (ССА) се воспоставени следниве тела:

Совет на ССА – Ова највисоко тело на политичко ниво воспоставено со Спогодбата за стабилизација и асоцијација се одржува еднаш годишно. Советот од страна на Македонија го води министерот за надворешни работи. Од страна на Европската унија е министерот за надворешни работи на земјата претседавач. Комисијата ја претставуваат високиот претставник за заедничка надворешна и безбедносна политика, комесарот за проширување или негов заменик и претставник на наредното претседателство. Советот низ политички дијалог разговара за најважните политички прашања во односите меѓу Република Македонија и Европската унија, за важни регионални прашања и се информира за состојбите и плановите на Унијата.

Комитет за стабилизација и асоцијација (КСА) – Се одржува еднаш годишно и тоа наизменично во Скопје и во Брисел. Со него раководат двајца копретседавачи од Република Македонија и од Европската комисија. Станува збор за оперативен форум на кој се разгледуваат постигнувањата во сите подрачја и се даваат натамошни насоки за потребните реформи.

Поткомитети на КСА – Постојат 7 поткомитети кои опфаќаат подрачја од ССА и претставуваат тела или оперативни форуми на експертско ниво на кои се разговара за постигнатите резултати во изминатата и плановите за идната година. Улогата на поткомитетите е да се презентираат достигнувањата на Република Македонија во остварување на обврските од Спогодбата за стабилизација и асоцијација. Тие се основен коректив и начин на следење на процесот на пристапување.

На седмиот состанок на Комитетот за стабилизација и асоцијација формирана е Специјална група за Реформа на јавната администрација со цел следење на остварениот напредок на Република Македонија во процесот на реформа на јавна администрација, која го одржа првиот состанок во октомври 2010 година во Скопје.